Sejak reformasi 1998, Indonesia menghadapi berbagai tantangan yang rumit dalam proses menuju masyarakat yang damai dan demokratis. Konflik dan ketidakselarasan terjadi di berbagai segi kehidupan di Indonesia, seperti dalam hubungan antarkelompok masyarakat, hubungan industri, dan hubungan pusat-daerah.
Perkembangan di atas mengharuskan adanya pendidikan di bidang penyelesaian dan penanganan konflik horisontal maupun vertikal yang berkualitas tinggi dan inovatif.
Untuk itu, sejak tahun akademik 2001/2002, Universitas Gadjah Mada menyelenggarakan Program Magister (S2) di bidang Perdamaian dan Resolusi Konflik. Program ini merupakan yang pertama di Indonesia, bahkan di Asia Tenggara.